Le gaz carbonique (CO2)
Comme l'oxygène, le gaz carbonique provient de l'atmosphère (et de la respiration des poissons) et se dissout dans l'eau, il s'y trouve en général en quantité suffisante pour permettre un bon développement des plantes.

Le manque de gaz carbonique, donc de carbone, limite la croissance des plantes qui ne peuvent plus fabriquer leurs sucres. Le gaz carbonique est absorbé par les cellules les plus externes des plantes aquatiques (par des orifices dans les feuilles pour les végétaux terrestres ou palustres).