Le plancton d’ eau douce ou d’ eau de mer est composé d’ organismes animaux et végétaux inférieurs à un millimètre les plus gros éléments sont souvent des crustacés (copépodes en eau de mer, daphnies en eau douce), très prisés des poissons et surtout des alevins dont ils constituent souvent l’ aliment de base.
La récolte du plancton s’ avère malheureusement difficile pour les aquariophiles, mais on en trouve sous forme congelée dans le commerce.

En eau douce, les infusoires (ou paramécies) ne dépassent pas 0,1 à 0,3 mm et constituent donc un aliment adapté aux alevins. Il existe plusieurs recettes pour les cultiver à partir de salade bouillie, de pomme de terre, de lait ou de peau de banane, qui vont permettre le développement de bactéries, pour les alimenter.
Les infusoires nécessaires pour démarrer la culture peuvent provenir du sol d’ un aquarium en service depuis quelques mois, ou de quelques millilitres de vase prélevés au fond d’ une mare.

Mentionnons également les rotifères, organismes de 0,05 à 0,2 millimètres, intermédiaires entre les crustacés et les vers, qui sont actuellement le seul aliment pour les larves de poissons marins que l’ on peut reproduire en aquarium (Amphiprions, ou poissons-clowns, par exemple).
Les rotifères peuvent être élevés par des amateurs éclairés, en eau salée ou saumâtre; les oeufs sont parfois commercialisés.